WRは熱核ジェットエンジンによって大気圏内飛行も可能であるが、機体の翼面積が小さく、実際には膨大な推力によって強引に機体を飛翔させているに過ぎない。そこで空戦能力付与のため、可変後退翼を備えるフライングアーマーも考案されている。これを装備するΖガンダムの巡航形態は「ウェイブシューター (WAVE SHOOTER)」とされ、大気圏突入能力を省略して、大気圏内での低空飛行性能や離着陸距離、航続距離などの航空能力の向上が図られた。MS形態時にはウイング・バインダーとしても機能するこのフライングアーマーの設計案は、後に量産機として開発されるΖプラスへと受け継がれている（#プラモデルも参照）。
複雑なΖガンダムの変形は、玩具として立体化する際の制約にもなった。TV版『機動戦士Ζガンダム』放映当時にバンダイが発売したΖガンダムのプラモデル4種（1/220、1/144、1/100、1/60）のうち、変形させられるのが1/100のみであり、完全変形するもののプロポーションもMS時・WR時ともに難点のある物だったことからも伺える。より大スケールの1/60はプロポーションを重視したため非変形となっている。後に発売された「1/144 HG（ハイグレード） ゼータガンダム」のキットでも、変形に際してのパーツ強度の問題から「ウェイブシューター」と呼ばれる独自の形態を採用、Ζプラスとほぼ同様の変形方法になっている。
